随着中世纪晚期日耳曼人开设大学的第二波潮流，弗莱堡大学与巴塞尔大学和蒂宾根大学同属一个时期建校。1455年4月20日，教宗加里斯都三世应奥地利大公阿尔布雷希特六世要求，同意在康斯坦茨教区设立学校。大学奉教宗诏书而建，以教会作为实体并属于罗马天主教会及其高级僧侣。巴塞尔主教兼任大学教务长，康斯坦茨主教作为守护者，实际资助人为奥地利大公阿尔布雷希特六世。阿尔布雷希特为大学提供了土地和资金支持外，还给予其独立的司法权，故大学因其冠名（德语Albrechts拉丁文转作Albertina）。1460年4月26日，大学正式开始教学。时为阿尔布雷希特领土内的“国家大学”Landesuniversit？t。
中世纪发展
1490年弗莱堡大学转交给哈布斯堡王室成员管辖，成为奥地利继维也纳大学后的第二所大学。像中世纪的其他大学一样，弗莱堡大学初设四大科系：神学、哲学、医学和法学。首届学生人数为140人。当时的哲学教育包括所谓“自由七艺”（文法、修辞、逻辑、算术、几何、音乐和天文），为所有学生的必修科目。在哲学系拿到文学学士，是学生前往其它科系进修的先决条件。当时约翰·罗伊希林、法学家乌尔里希·查修斯Ulrich Zasius等人在弗莱堡大学执教。弗莱堡大学的课程收录于格雷戈尔·赖施（Gregor Reisch）1503年出版的《哲学珠玑》一书中。
宗教改革
建校伊始，弗莱堡大学就在争取宗教改革，因此许多教授也明确地对马丁·路德的言论表示支持。然而弗莱堡作为一个传统的天主教城市，市议会发起了查抄，并将两千余本新教书籍在大教堂广场焚毁。在斐迪南大公1524年5月13日访问学校时，则明确建议驱逐新教学生房客。与此同期的1529年，巴塞尔的新教改革运动随着毁坏圣像达到了顶峰，伊拉斯谟和巴塞尔大学的许多天主教教授都来到了弗莱堡。
高卢学院
1679年弗莱堡成为法国城市。法王路易十四不喜欢奥地利制大学，将建设大学的资金和责任一同委托给天主教耶稣会。1684年11月6日，改名为高卢学院（Studium Gallicum）的弗莱堡大学开始设立双语项目。1686年，教职员工逃亡至康斯坦茨。1698年随着大同盟战争结束，弗莱堡根据莱斯维克条约交还予哈布斯堡王朝。大学也随之回到了弗莱堡市。
改革时期
1698年，奥地利重新占领前奥地利地区，弗莱堡作为前奥地利首府。弗莱堡大学建校初期为天主教信仰的一个堡垒。这在开始时引发了人文主义思潮的兴起，但因新兴学科的出现，仅允许天主教徒入校便成为了科学研究的障碍。1620年，罗马天主教会因为推动反宗教改革，不确定弗莱堡大学的信仰问题，而将两个院系的行政权收归由教廷直辖。奥地利大公玛丽亚·特蕾西亚则着手对境内教育进行改革。1767年大学入学条件在宗教信仰上明确走向自由化，并要求增加自然科学和公共行政学科系。同年，不顾宗教界的抗议，弗莱堡大学收归国有。在1773年，随着教宗克雷芒十四世下达敕令镇压耶稣会，天主教思想在学校的主导地位开始减弱。约翰·乔治·雅格比（Johann Georg Jacobi）在1784年成为了弗莱堡大学的第一位新教徒教授。
当拿破仑在1805年攻破神圣罗马帝国得到前奥地利之后，弗莱堡在次年成为了新成立的巴登大公国的领土。因相对较小的巴登拥有一所历史更为悠久的大学——始于1386年的海德堡大学，弗莱堡大学的存在也开始受到了威胁。卡尔·弗里德里希和卡尔两位大公因资金紧张问题先后考虑关闭弗莱堡大学。
弗莱堡大学依靠着资助和之前的收入来维持着运作，直至1818年巴登继任大公路德维希一世执政。新的大公认为：两种宗教（天主教与新教）在巴登应各有一所大学来代表，其中海德堡大学深受新教的影响，而弗莱堡大学则有存在的必要。他每年开始向弗莱堡大学提供稳定的经费，并于1820年将此以手谕的形式确立下来。为此，大学遂更名为“阿尔伯特-路德维希大学”，以示谢意。
自由向往
1832年3月1日，巴登促进出版自由的新闻法生效。因此弗莱堡出现了一份报纸《自由报》（Der Freisinnige）。报纸主编Carl von Rotteck 和Carl Theodor Welcker教授违反了卡尔斯堡决议（Karlsbader Beschlüsse），提出了德意志自由与统一的主张。在法兰克福议会的压力下，大公国政府决定在5月19日将报纸取缔。然而随之而来的学生抗议示威持续不断。直至9月12日，政府决定关闭学校，并让两位教授在10月26日退休。大学在妥协后重新开放。
后续发展
自19世纪80年代起，学生数量与院系规模均得到快速发展。学校的科研声望吸引了经济学家阿道夫·华格纳、史学家格奥尔格·冯·贝洛（Georg von Below）、弗里德里希·梅尼克、法学家卡尔·冯·阿米拉（Karl von Amira）等人前来执教。
19世纪末，因巴登州法律，弗莱堡大学同海德堡大学一同成为德国历史上可以接收女生的大学。弗莱堡大学也因此诞生了德国的第一位女性医学博士。至一战前，大学已有3000名学生。
20世纪初大学建造了大量新建筑以适应现代大学发展。于是弗莱堡老城及周边地区均成为大学建筑的所在地。例如第一教学楼、主楼、哲学楼建筑即是巴符州最重要的德国青春艺术风格的建筑，修建于1907-1911年。其红色的砖墙及原用作“禁闭室”（Karzer）的塔楼迄今仍是弗莱堡的标志性建筑。入口两侧为荷马与亚里士多德的塑像，1915年完工。在大堂的西面，则镌刻着学校的格言“真理必叫你们得以自由”。
一战后，哲学家埃德蒙德·胡塞尔及其门生马丁·海德格尔先后来到此校任教。瓦尔特·欧肯也在此萌生了“秩序自由主义”（Ordoliberalismus）的经济理念，现在已经将这一套体系称为“弗莱堡学派”了。
纳粹时期
同其它德国学校一样，随着“政治一致”（Gleichschaltung）的推进，纳粹时期犹太师生遭到迫害。 这一时期的校长为Wilhelm von M？llendorff （1933年4月15日-20日）、马丁·海德格尔 （1933年4月21日—1934年4月27日）、Eduard Kern（1934年）、Friedrich Metz（1936年）、Otto Mangold（1938年）和Wilhelm Süss（1940年起）。1933年根据校长马丁·海德格尔的“再提专业公共服务法令”，校内犹太籍师生正式遭到驱逐。这一法令通常也被视为对纳粹政权的公开支持。在主楼的入口上方，也镌刻了新的文字——“致永恒的德意志”。
Dem ewigen Deutschtum（致永恒的德意志）
战后
经过战时关闭，二战结束后大学重开。遭受战争重创的大学在艰难的条件下进行了重建。为自然科学所新建造的楼宇也在“学院角”（Institutsviertel）竖立。
经济系则在早期弗莱堡学派学者瓦尔特·欧肯、弗兰茨·伯姆、汉斯·格罗斯曼-杜尔特、莱昂哈德·米克希等人的基础上，发展了秩序自由主义。社会市场经济体系即因此思想而诞生，并成为了德国的战后经济迅速复苏（Wirtschaftswunder）的理论基础。弗里德里希·哈耶克当时虽已离校，但指导了“瓦尔特·欧肯学院”的建立。该学院作为弗莱堡城市发展的智库。政治学方面，阿诺德·贝格施特雷瑟（Arnold Bergstr？sser）作为德国战后政治重建的三驾马车之一，他的研究组现在成为了大学的社会文化研究学院——阿诺德·贝格施特雷瑟学院。
在20世纪后期，学校快速壮大。在1960年时大学有1万名学生，而到1980年时则达到2万。
现状
黄金大米是由弗莱堡大学的彼得·拜耳教授(Peter Beyer)与苏黎世高工的英戈·珀特里库斯（Ingo Potrykus）教授自1992年至2000年研究出的成果。黄金大米是生物技术的一个突破，通过基因工程改良后的大米富含维生素A，可以用来提供给营养缺乏者。
2003年大学新建了一个纪念馆以及一系列雕塑，旨在纪念因纳粹主义而遭受苦难和迫害的学生及教职员工。
2006年，弗莱堡大学加入了欧洲研究型大学联盟（LERU）。2007年，弗莱堡大学成为了联邦政府资助的九所精英大学之一，然而它并没有受到2012年的新一轮赞助。2012年弗莱堡大学学院（University-College-Freiburg）建立，作为一个招收国际学生的文理学院，大学学院采用英语授课并授予英美体系的本科学士学位。