科隆音乐学院设有4个学院：作曲、指挥、唱诗班指挥、声调学、键盘乐器、基督教与天主教教会音乐学院，乐器与爵士学院，歌曲、歌曲教育、钢琴作曲、音乐戏剧、舞蹈与舞蹈教育学院和音乐学与音乐教育学院。科隆音乐学院开设有40多个本科和硕士专业，如大提琴、手风琴、萨克斯、竖琴、打击乐器、大键琴、钢琴、管风琴、吉他、中音提琴、音乐会、歌曲教育、电子乐器作曲、乐器作曲、基督教教会音乐、天主教教会音乐、爵士、古典乐器、新型音乐解读、室内音乐和舞台表演等。热门专业有乐器教育、歌曲、爵士乐、舞蹈和教会音乐等专业。此外，科隆音乐学院还具有授予博士学位的权利，开设有音乐学与音乐教育博士专业。
