法兰克福大学创办的历史可以追溯到1890年法兰兹·阿迪克斯担任法兰克福市长任内，他认为随着产业与文化的进展，本市应设立一所大学。当地乡绅望族与知识分子纷纷响应筹建，在德皇威廉二世1914年下诏将学校定名为普鲁士国立的“法兰克福大学”之前，学校早已开始从事教学研究工作，又因建设经费主要透过民间集资而来，并非国家主导，当时故有“市民大学”（德语：DieBürgeruniversity）之美称。其中又以银行家葛欧克·诗贝亚的遗孀，法兰琪丝卡·诗贝亚夫人捐赠的1400万黄金马克最为关键，让法兰克福大学跃升为当时首都柏林以外，设备最齐整的大学。此一发展基础在德国大学史上写下富有特色的一页。
1932年，以德国最受景仰的人文思想家歌德之名为大学命名，纪念他在文学、科学和哲学领域的精神和贡献。据此，法兰克福大学又被称作歌德大学（德语：Goethe-University），简称“歌大”（德语：Goethe-Uni），并与市内其它采用法兰克福城市名的高等院校作出区别。
1950年代以后，新马克思主义学者们在法兰克福大学大放异彩，“法兰克福学派”之名不胫而走，成为二十世纪后半叶影响世界政治、经济、法律、社会重要的批判思潮。
1959年法兰克福大学兴建新教学楼
2014年，在欧洲大学史上相对年轻的法兰克福大学正式迎来百年校庆，并遴选新校长。2015年一月，由经济学家沃尔芙教授出任创校百年首位女性校长。
时至今日，相比于德国其它历史悠久的名校，法兰克福大学于仅百年的发展中迅速繁荣，已有18人获诺贝尔奖（数量全德第5），11人获得莱布尼茨奖（数量全德第1）。作为德国顶尖大学联盟“U15大学联盟”中的一员，法兰克福大学的排名非常靠前。
据德国双元制留学留学介绍，法兰克福大学有很强的科研实力，作为德国最著名的研究奖Leibniz-Award获得者最多的大学，法兰克福大学的精英集群数量全德第二，马克斯·普朗克学会在法兰克福大学有三个合作单位。
四大校区
目前法兰克福大学在市中心共有四个校区。
城西校区（Campus Westend｜校总区）
主要设置为神学、哲学、历史、人类学、法律学、经济学、社会科学、教育学、心理学、人文地理学，以及大部分行政管理学科。
博肯校区（Campus Bockenheim｜老校区）
主要设置为数学、资讯工程、大学总图书馆，以及大部分语言文化学科。
理丘校区（Campus Riedberg）
主要设置为药学、物理学、化学、生物科技、生物化学，以及地理与地质科学。
下环校区（Campus Niederrad）
医学院以及大学附设医院。
另外值得一提的是，城西校总区与博肯老校区之间，由绿堡公园、法兰克福大学植物园和法兰克福棕榈园共同构成的大片绿色廊道彼此相连。
附属机构
中国研究院
电子金融实验室
法兰克福高等研究院（FIAS）
弗罗贝纽斯研究所
歌德商学院
金融之家（HoF）
法律和金融研究所
阿拉伯 - 伊斯兰科学史研究所
歌德大学艺术史研究所
农村结构研究所
社会研究所
东方研讨会
歌德研究生院
大学图书馆Johann Christian Senckenberg（大学图书馆）
Wilhelm Merton欧洲一体化与国际经济秩序中心
Goethe-Unibator
法兰克福大学学术飞行小组