圆明园再遭劫难：八旗兵与土匪趁乱洗劫
自《马关条约》后，中华民族与帝国主义之间的矛盾愈演愈烈，不可调和。1900年，八国联军发动了侵略中国的战争，于8月16日攻陷北京，慈禧太后携光绪于前一天仓皇逃走，北京再一次落入外国入侵者的手里。圆明园也就是在这一年再一次惨遭洗劫。
1894年，清zheng府在甲午战争中一败涂地，与新兴的日本帝国签订了1840年以来对中国政治、经济、文化、社会生活等方面侵占最为严重的《马关条约》，中国半殖民地化的程度大大加深了。中外矛盾迅速上升为当时中国社会的主要矛盾，在这种局势下，19世纪的最后五年间，义和团迅速发展，并于1900年控制了京津地区。义和团打出“扶清灭洋”的口号，意在中国大地上驱逐外来势力，恢复中国原有的社会秩序。在公使克林德被清军击毙后，各国以保护公使馆为名，派兵进入北京，以东江米巷（后来的东交民巷使馆区）为中心，与义和团展开了激烈的攻夺战。为了解救在京被困的西方外交官与教会信众、各国侨民，英、法、德、俄、奥、意、日、美八国组成联军，发动了侵略中国的战争。
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拆园最烈者为八旗兵
1900年的入侵者比1860年的人数更多而且更为凶残。他们又一次展开抢掠和纵火，范围更广，持续更久。抢掠的地点包括有钱人和满洲贵族的家，掠夺者不仅仅是军队，外交人员与传教士亦参与其中。
美国传教士丁韪良在抢掠现场看到，那些掠夺者的争抢场面只能用“暴动”来形容，许多中国俘虏遭到残暴的虐待和无情的枪杀。当时一位美国作家感觉“这些中国人遭受的对待就像罗马暴君尼禄在位时期的基督徒”。具有讽刺意味的是，就在战争发动的一年前，这八国列强全都加入了1899年的海牙公约，明文禁止战时抢夺和恣意杀戮。
这一时期，新建成的颐和园和残破的圆明园也遭到了摧残。八国联军入京后，董福祥率战败的甘军北逃出京，德国马步队追击董军直至南口，此时董军已逃至怀来，德军追赶不及而返。德军bu队一部分驻朗润园，英军驻颐和园，意军驻玉泉山。当冬天来临时，盘踞朗润园的德国侵略兵，窜到正觉寺拆走大殿的门窗当柴烧，砍坏佛像的鼻子，抢走寺内珍存的大量西藏进贡的锦边彩画佛像及青铜梵文大钟。与1860年的浩劫有着同样的丑行，入侵者为了分赃而成立了一个奖金委员会，并在英国的使馆举行拍卖会。
但也有专家认为，到目前为止，尚无史料证明八国联军曾经进入圆明园进行劫掠，在这一时期真正让圆明园遭受劫难的是当时清zheng府驻守西郊的八旗兵、太监以及地痞流氓。据王威所着《圆明园》一书记载：“城外的驻军与恶霸们活动得更凶，他们乘机大肆洗劫西郊各园的陈设，圆明园也不例外。他们将殿座亭榭及宫门和铜狮等一齐拆下来出卖，连砖瓦、石料都不肯放过。”
外国军队撤离时，京城暂时处于无zheng府状态，驻守西郊的散兵游勇、太监以及恶霸蜂拥闯进圆明园，再次劫掠院内陈设，大肆拆毁园内的殿堂、亭榭，盗运园内的砖瓦、木料等。其最甚者为本地土着的各旗营，曾经调驻城内，此时却都逃出城来。他们手中操着斜五排快枪，回到家中化兵为匪，自由结合，聚众大拆圆明园宫殿、砍伐树木。只一个月时间，整个圆明园内的树木及原来残存之建筑荡然无存。圆明园的西路毁于精捷营，北路毁于河北黄营，长春园毁于白旗大小营，其拆园最烈者为厢白旗小营与精捷营的八大恶棍首领。
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守园太监与拆匪激烈枪战
长春园中环形的“海岳开襟”原是建在湖中双层汉白玉石园坛上的一座金碧辉煌、宏伟高大的建筑，由于船只被焚，无船可渡，在1860年英法联军之役幸免于难。光绪年间，慈禧还专门到此游幸，因此修葺一新，并由湖西岸上之“榴香渚”方亭至此添修长木板桥一道，桥侧安装红色栏杆。由于八旗拆匪扬言要拆此处，该处太监首领杨四率领四名太监，园户头目周德海也率领园户十名，日夜共同驻守。精捷营正白、正黄两旗头目扬言将于九月初七夜拆“海岳开襟”。于是杨四、周德海等人将木桥拆毁一段，堆积树枝与沙袋，修成工事，又从熙春园请来六名枪手，帮助防守，其他太监与园役也架上大抬杆枪埋伏在沙袋后面。当天夜里，近百名旗民，携带斧锯绳杠由西岸上木桥，发现桥被拆断，八大匪首喊话，责令杨四、周德海搭上桥板，否则如攻上去难逃一死。周德海一声令下，众枪齐发，当场击毙10余人，落水六七人，拆匪被迫退回西岸逃走。
至10月初，“海岳开襟”仍十分完整。后来，守方意见不一，又恐天寒结冰，无法防守，更怕敌方拆匪的报复，于是，守方人员纷纷辞职回原籍。此消息被厢白旗小营知道，该旗匪头目，常作绑票勒赎的勾当，他们已从圆明园中掠到不少财物，现在知道周、杨二人撤出，便于10月14日率60名旗民，将“海岳开襟”全部占领，撬开大量陈设箱子，将珠宝奇珍一夜抢光。硬木桌椅一类的笨重之物，又抢运了三昼夜。最后将殿宇柱子锯断，用马车运走可使用的木材，砍掉园内巨大的松树和柏树来卖钱。事实上，这种肆意的破坏让圆明园内的殿堂楼阁完全消失，那些被偷来的木材，从柱子到窗框全都拿到附近的清河镇，堆积成一座“小山”，等着变卖。即使从园内拿走的小木片和树枝都可以在市集上找到，并被人当做烧火的木柴来使用。至此，一组水中楼阁建筑群，便只剩下废墟。另外还有全部铜铸品，也是在这时被洗劫的。
万春园的西南角，有东庙和西庙，二庙相连。东庙为“敕建河神庙”，祭祀本园的河神，西庙为“惠济祠”，祭祀运河龙神。两庙前各有两根旗杆，周围有黄柏林木数百株。这两座庙与大片柏林，在1860年之役中免于火劫，保存相当完整。事后，每年二月初九与八月初四春秋大祭，均由河工大臣与圆明园总管致祭。在这次庚子劫难中，旗民蜂拥而至准备拆除发财，他们甚至为“争拆”发生冲突，进行了枪战，双方各死十余人。后经中人调停，改为合作共同拆售，售出之价由双方平分。至此二庙与大片柏林均夷为平地。
万春园中的“庄严法界”，也是英法联军毁园时的幸存者，其位置在“鉴碧亭”的北岸，入内正殿5间，东西配殿各3间，东边还有“蔚藻堂”，为南向5间，建于太湖石的高台上，也都在这次被毁。
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清廷无力执掌圆明园
圆明三园被英法联军和八国联军破坏洗劫之后，一直还是作为皇家的禁园，由老太监守园看护。对圆明园一直念念不忘的慈禧太后，在她即将从西安返回北京的前夕，1901年8月28日在西安颁发了一道懿旨：命令正与各国公使谈判的全权大臣奕匡，在议订和约，将颐和园、圆明园一带收回清廷后，要派得力官兵小心守护，“毋稍疏虞”。
但是，动乱后的巨额赔款进一步加重了清廷的财务压力。1904年，清朝zheng府正式下令裁减圆明园部分官员，撤销圆明园的总管机构，使圆明园陷入了无人管理的状态。尽管圆明园到1909年时仍然有16718人之多，“但他们大部分是以前园户的成员，包括妇女和孩童，而对圆明园来说，他们是破坏者而非保护者。
这一次动乱后，圆明园遭到了严重的破坏，园内一些地方已变成芦苇连片，麦垅相望，如同田野一般，一些桥涵被破坏已部分不能度跨。除园墙、万春园宫门、正觉寺等极少处圆明园遗址原真性的景区外，其余皆已失去了1860年英法联军火烧罪行的真实物证。到1911年，清zheng府为把废园管理起来，决定将它附属于颐和园，由清廷总管内务府大臣世续等进行管理。